Noch weist der Gesundheitsfonds ein akzeptables Gutachten auf. Der Bundesrechnungshof gibt aber zu bedenken, dass sich der gekürzte Bundeszuschuss zur GKV auswirken wird. Statt 14 Mrd. Euro soll er in diesem Jahr nur 10,5 Mrd. und im nächsten Jahr 11,5 Mrd. Euro betragen. Weitere Belastungen des Fonds folgen aus dem Wegfall der Praxisgebühr, welcher etwa 1,8 Mrd. Euro ausmachen wird, weiter 560 Mio. Euro werden den Krankenhäusern zufließen. Daneben ist noch ein Defizit von 2,4 Mrd. Euro aus dem Jahr 2009 zu berücksichtigen. Schon Ende 2015 könnte dadurch, sofern man unterstellt, dass der Fonds in diesem und im nächsten Jahr keinen Überschuss erzielen wird, die vorgeschriebene Mindestvermögensgrenze des Fonds unterschritten werden. Erster relevanter Beobachtungszeitpunkt sei Mai 2015 teilt der Rechnungshof in seiner Stellungnahme für den Haushaltsausschuss des Bundestages mit, damit frühzeitig genug Gegensteuerungsmaßnahmen ergriffen werden können. Den Ausgleich des jeweils entstehenden Differenzbetrages regelt das Haushaltsbegleitgesetz. Danach erfolgt der Ausgleich aus einer Liquiditätsreserve, die Ende 2013 noch 13,6 Mrd. Euro betrug.
Für die Lösung des Problems zeigt der Bundesrechnungshof ausschließlich Ansätze auf, die zwangsläufig zu einer Erhöhung der Zusatzbeiträge führen: Entweder wird im Jahr 2016 der Bundeszuschuss zur GKV über die geplanten 14 Milliarden Euro hinaus angehoben werden oder aber die Zuweisungen an die Kassen werden gekürzt und müssten durch die Zusatzbeiträge der Versicherten ausgeglichen werden.