Die gematik beschäftigt seit Längerem mit Spezialfällen bei der Übertragung von E-Rezepten zwischen Arztpraxis und Apotheke. Dennoch stehen bis heute mögliche Übertragungswege vom Arztpraxis zur Apotheke in der Kritik, da Fachleute u.a. aus der Reihe der Deutschen Apotheker Zeitung (DAZ) vor illegalen Nutzungen, möglichweise durch geschaffene Ausnahmen, warnen.
Die Kritik der Apotheker:innen ist, dass die gematik sich nur auf die legale Nutzung fokussiert hat und illegale Aspekte nahezu ausschließt. Software-Anbieter, die Vorgaben der gematik berücksichtigen müssen, müssten keine Hürden einbauen, um illegale Zuweisungen zu verhindern. Aber auch Ärzt:innen könnten nach Meinung der DAZ die „komfortable Situation“, die von der gematik geschaffen wurde, missverstehen. Daher ist auch die Umsetzung in der jeweiligen Arzt-Software ausschlaggebend.
Fehlerhafte Verordnungen und Lieferengpässe bei der Belieferung von Medikamenten wie beispielsweise Zytostatika-Zubereitungen sind auch nicht im Entwurf der gematik-Spezifikationen eingepreist und wurden nicht berücksichtigt. Hintergrund der Kritik ist, dass E-Rezept-Spezifikationen wie Zytostatika einen untypischen Bearbeitungsverlauf nehmen, auf den die Patient:innen keinen Einfluss haben dürfen und sollen. Patient:innen sind am Zuweisungsprozess nur indirekt beteiligt, indem ihnen zwar der Bearbeitungsstatus bekannt ist, nicht aber den Ablauf.
Die Kommunikation des Zuweisungsprozesses läuft somit nur zwischen Arztpraxis und Apotheke ab. Der Arzt oder die Ärztin weist das E-Rezept mit dem Zytostatikum in unkomplizierter Form im Rahmen des Gesetzes an eine Apotheke an und übersendet das Rezept an voreingestellte Apotheken. Diese geben dann eine Rückmeldung, ob das E-Rezept beliefert werden kann. Die Formulierung, Ärzt:innen könnten ihre „Stammapotheke“ auswählen, wurde allerdings im neuen Entwurf der gematik gestrichen, da die Gesellschaft für Telematikanwendungen erst am 9. Dezember 2021 dieses Merkmal zum E-Rezept für die „Workflow-Steuerung durch Leistungserbringer“ verändert hat.