Nach aktueller Fassung der Berufsqualifikationsrichtlinie enthält diese eine Schutzklause, nach der approbierte Pharmazeuten nur im Approbations-Land selbst eine Apotheke eröffnen dürfen. Auch übernehmen dürfen sie eine Apotheke frühestens nach dreijährigem Bestehen. Diese Schutzklausel wird in Deutschland weiter angewendet, generell singt die Zahl der Mitgliedsstaaten in denen sie Anwendung findet zunehmend, so verzichten mittlerweile z.B. Großbritannien, die Niederlande und Irland darauf. Darüber hinaus ist noch offen, ob diese Schutzklausel nicht gegen europäisches Recht (Niederlassungsfreiheit, Diskriminierungsfreiheit) verstößt.
Daher plant die Komission die Richtlinie zu überarbeiten und den Markt so einheitlich zu öffnen. Darüber hinaus sollen auch Aktualisierungen an den Vorgaben für die Ausbildung und Anpassungen an den Freiheiten für spätere Aktualisierungen durch die Komission vorgenommen werden.
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